Em 1988, o Clean se reuniu para se apresentar em Londres, resultando no Ao vivo EP, que apresenta cinco de seus clássicos em som de 16 faixas; No mesmo ano, a música do Clean chegou oficialmente aos Estados Unidos como uma coletânea intitulada Compilação, lançado pela Homestead Records do futuro fundador da gravadora Matador, Gerard Cosloy. Marcado por duas turnês mundiais, a segunda fase do Clean também gerou seu primeiro álbum de verdade, 1990’s Veículo (emitido pela Flying Nun em parceria com a robusta indie britânica Rough Trade), antes que as coisas fracassassem novamente. No final da década, o Clean voltou a se reunir para um novo par de álbuns – 1995 rock moderno e 1996 País Desconhecido– antes de mais um hiato.
Quando o trio se reuniu novamente, em 2000, a influência do Clean em uma nova geração de bandas amplamente americana – incluindo Pavement, Galaxie 500 e Guided by Voices – era clara. Seu álbum no ano seguinte, Fugir, saiu pela Merge, o selo independente americano fundado por Mac McCaughan do Superchunk e Laura Ballance; Georgia Hubley e Ira Kaplan, do Yo La Tengo, também participaram das canções “Alpine Madness” e “Circle Canyon”. Flying Nun e Merge lançaram em conjunto o álbum que abrange toda a carreira Antologia em 2003, e o Clean seguiu com o novo álbum de estúdio senhor pop em 2009. O devastador terremoto de 2011 na Nova Zelândia atrapalhou os planos para outro possível longa-metragem, mas o Clean continuou se apresentando nos anos subsequentes, esporádico como sempre.
Fora do Clean, Hamish Kilgour tocou em uma série de projetos. Durante o intervalo inicial do Clean, ele e David se uniram como o Great Unwashed para o álbum Flying Nun de 1983. Limpe nossas mentes; vários anos depois, durante outro período de inatividade para o Clean, Hamish Kilgour co-fundou a banda de rock espacial Bailter Space. Em 1991, ele se mudou para Nova York e formou o projeto de longa data Mad Scene com sua futura ex-esposa, Lisa Siegel, lançando sua própria série discreta de álbuns (1993’s Uma viagem pela Monsterland; anos 1995 Sealight; 1996 mel chinês; e Sonic Boom de 2012 – produzido Blip) e EPs variados. Kilgour finalmente fez sua estreia solo em 2014 com Tudo isso e nada. Quatro anos depois, lançou Finklesteinbaseado em uma história infantil que inventou para o filho.
Em 1992, Kilgour ganhou um Aotearoa Music Award na Nova Zelândia para a capa do álbum do ano para a compilação Flying Nun. Discos voadores rosa sobre os Alpes do Sul. Em 2017, o Clean foi introduzido no Music Hall of Fame da Nova Zelândia. Peter Gutteridge, outro membro fundador do Clean, morreu em 2014.